Ίχνη εγκατάστασης ανάγονται ήδη από τα κλασσικά χρόνια, ενώ  σύμφωνα με τις τοπικές καταγραφές στα βυζαντινά αποτελούσε μέρος της κτηματικής περιουσίας (Μετόχι) της Μονής Βατοπεδίου ( μέχρι το 1925). Εδώ έμεναν 2-3 καλόγεροι που διαχειρίζονταν την κτηματική περιουσία και είχαν ως βοηθούς περίπου 20 εργάτες από τη γύρω περιοχή (κυρίως από την Ιερισσό). Αυτοί ασχολούνταν με την καλλιέργεια χωραφιών, τη βοσκή ζώων και το μάζεμα των ελιών. Με Νόμο της Κυβέρνησης Βενιζέλου στις 14 Φεβρουαρίου 1923, ένα μεγάλο μέρος της κτηματικής περιουσίας των μοναστηριών περιήλθε στο κράτος για στέγαση των προσφύγων. Έτσι το μέχρι τότε σχεδόν ακατοίκητο νησί της Αμμουλιανής αποτέλεσε τη νέα πατρίδα για 600 περίπου Πασσαλιμανιώτες πρόσφυγες (από νησιά της Προποντίδος (Γαλλιμή, Πασαλιμάνι, Σκουπιά), που ως τα τέλη του 1924 ζούσαν στην αντικρινή Ουρανούπολη.

Μέχρι που να στηθούν τα πρώτα ομοιόμορφα σπιτάκια του εποικισμού από την κυβέρνηση, οι πρόσφυγες βρήκαν στέγη στα καλογερικά μετόχια, στους σταύλους, στην εκκλησία και στα δωμάτια που διέμεναν οι εργάτες. Από την άνοιξη ως το Σεπτέμβριο του 1925 ένα δεύτερο κύμα προσφύγων έφτασε στην Αμμουλιανή, προερχόμενο αυτή τη φορά, από το Χωριό Γαλλιμή του Μαρμαρά. Ο εποικισμός συνεχίσθηκε και συμπληρώθηκε τον επόμενο χρόνο με οικογένειες από τα Σκουπιά, το Μαρμαρά, την Κούταλη, τη Σμύρνη, το Αβδίμι, την Κωνσταντινούπολη, τα Παλάτια, τη Μηχανιώνα, την Αφθόνη αλλά και την Ικαρία, το Τρίκερι και την Ιερισσό. Προερχόμενοι από τις περιοχές αυτές που γειτόνευαν με την Κωνσταντινούπολη έφεραν μαζί τους τον πολιτισμό, τα ήθη και τα έθιμά τους. Εχοντας γνώση της θάλασσας, ασχολήθηκαν κυρίως με την αλιεία και κατάφεραν σε λίγα χρόνια να διακριθούν στον τομέα αυτό.

Αν επιχειρούσε να περιγράψει κανείς τη ζωή των προσφύγων στα πρώτα χρόνια αλλά και στις δεκαετίες που ακολούθησαν, θα έπρεπε να καταγράψει μια ολόκληρη σειρά από αγώνες, θυσίες και στερήσεις, που άλλωστε, σε μεγαλύτερο ή μικρότερο βαθμό, αντιμετώπισαν όλοι οι πρόσφυγες. Με την υπομονή και την επιμονή τους, τη δίψα για μια νέα ζωή και την αξιοσύνη τους, οι πρώτοι εκείνοι έποικοι του νησιού ξεπέρασαν τα αρχικά δύσκολα στάδια και έγιναν άξιοι γεωργοί, κτηνοτρόφοι και κυρίως ψαράδες, μεταφέροντας όλη την εμπειρία στην τέχνη του ψαρέματος απ” την παλιά πατρίδα. Τον άγριο λοφίσκο, που ήταν πνιγμένος από σχοίνους και πουρνάρια, μετέτρεψαν σ” έναν ωραίο οικισμό, με μονώροφα και διώροφα σπιτάκια, κήπους, αυλές και μπαξεδάκια. Εκμεταλλεύτηκαν κι αξιοποίησαν, με πρωτόγονα αρχικά μέσα, κάθε διαθέσιμο κομμάτι γης, φυτεύοντας δέντρα και αμπέλια, καλλιεργώντας καλαμπόκι και σιτάρι ή δημιουργώντας βοσκοτόπια. Σύντομα ο αλιευτικός τους στόλος έγινε ζηλευτός σε όγκο και σε δύναμη φθάνοντας τα 80 μικρά και μεγάλα αλιευτικά σκάφη.Καλλιέργειες συστηματικές δε γίνονται με αποτέλεσμα το οικοσύστημα να παραμένει ανέγγιχτο. Οι ακτές παρουσιάζουν εναλλαγές σχηματίζοντας κολπίσκους με υπέροχες αμμουδιές. Οι καιρικές συνθήκες δε χαρακτηρίζονται από έντονες εναλλαγές και πρέπει να σημειωθεί ότι ιδιαίτερα το καλοκαίρι οι άνεμοι είναι ασθενείς.

Κι όταν αργότερα η νέα μεγάλη πρόκληση, ο Τουρισμός, έφτασε “προ των πυλών”, πάλι οι Αμμουλιανιώτες κέρδισαν τη μάχη. Προοδευτικοί, φιλόξενοι και εξωστρεφείς εκ καταγωγής, προσαρμόστηκαν πολύ γρήγορα στις απαιτήσεις των καιρών, δημιούργησαν ξενοδοχεία και ποικίλα καταλύματα, χώρους διασκέδασης και εστίασης και ένα δίκτυο καταστημάτων, όπου ο κάθε επισκέπτης μπορεί να βρει ό,τι του χρειάζεται. Όλα αυτά, σε συνδυασμό με την αρμονία του τοπίου, την δεσπόζουσα κορυφογραμμή του Άθω και την αγνότητα των ακτών, κάνουν την Αμμουλιανή έναν προορισμό περιζήτητο για χιλιάδες επισκέπτες.